Tra l'ultima cappella e la porta centrale, quindi entrando subito a destra. Costituisce l'ingresso cerimoniale, tramite la porta fiancheggiata da quattro colonne di marmo, all'Oratorio. L'ingresso per il pubblico si trova sotto il terzo arco. Una semplice lapide con il nome ricorda Mattia Preti. Nelle lunette tre dipinti di Antoine de Favray (1706-98) con scene della vita di San Giovanni Battista. Fra le altre opere, il Martirio di Santa Caterina, del palermitano Francesco Patenzano. Aggiunto alla chiesa nel 1603 per offrire ai cavalieri un luogo per devozioni in comune, l'Oratorio presenta un soffitto in legno che incornicia cinque fra i migliori dipinti del Preti. Una balaustra in marmo conduce all'altare in marmo policromo con tabernacolo in argento. A lato dell'altare, la testa in marmo di San Giovanni di Pierre Puget (1622-94). Di fronte, l'organo del 1622 trasferitovi dalla chiesa. Inoltre, come trofei marziali quattro stendardi di due battaglioni maltesi. Ma tutte queste pregevoli opere non riescono forse a distogliere lo sguardo dal capolavoro per eccellenza, dalla tela certamente più famosa di Malta, la Decollazione del Battista di Michelangelo Merisi da Caravaggio, mirabilmente restaurata a Roma nel 1957: cinque figure, chiuse quasi a semicerchio nella parte inferiore sinistra della tela, che emanano una luce chiaroscura capace di estraniare, rapire in estasi contemplativa.