È ubicato in uno dei primi palazzi costruiti alla Valletta, diventato presto proprietà dell'Ordine che l'affittò a vari cavalieri. La sua forma attuale risale a lavori di ristrutturazione intrapresi fra il 1762-63. Occupato da Ball già nel 1800, nel 1821 divenne residenza ufficiale dell'ammiraglio britannico (da qui la sua attuale denominazione di Admiralty House). Offerto alle autorità maltesi nel 1961, il 7 maggio 1974 veniva ufficialmente aperto come Museo nazionale delle Belle Arti, trovandovi adeguata sistemazione la sezione prima ospitata presso il Museo nazionale di archeologia.
Nei tre piani di esposizione sono state allestite trenta sale in cui sono esposte in ordine cronologico opere che vanno dal XIV secolo ai nostri giorni. Nel cortile del museo si tengono mostre periodiche di pittori contemporanei. L'intero seminterrato è dedicato alla storia dell'Ordine, con bellissimi esemplari di ceramica, armi, reliquie, argenteria, manoscritti e modelli, fra cui un pregevolissimo modellino di galera del XVIII secolo. La mobilia del pianterreno, maltese e siciliana, è del XVII e XVIII secolo. Nell'elenco che segue ci si limiterà a nominare solo autori e opere più note, lasciando al gusto e alla competenza del visitatore il giudizio estetico. XIV secolo; XV secolo, con una Vergine col bambino del fiorentino Domenico di Michelino; XVI secolo, con opere di scuola veneziana e fiamminga, fra cui un Uomo con armatura del Tintoretto e una Dama della cerchia di Jan Van Scorel; XVII secolo, opere di Mattia Preti, Stromer, de Ribera, Guido Reni; XVIII e XIX secolo, lavori di pittori al servizio dei cavalieri come de Favray, Vernet, Boucher; di artisti italiani come Giambattista Tiepolo; di autori maltesi come Erardi, Dingli, Sciortino e Zahra.