Per quanto piccola e nascosta questa chiesa ha una storia interessante. La prima costruzione (fine XII secolo), una semplice aula coperta da un tetto a travi in legno e con soffitto piano, terminante con una piccola abside semicircolare, era sorta sulle rive di un Naviglio da poco scavato, ed era meta di pellegrini e luogo di sosta per i viandanti provenienti dalla bassa pianura padana e diretti a Milano. Nel 1192 furono intrapresi lavori di ampliamento e abbellimento e nel Trecento venne aggiunto il bel portale sormontato dal rosone in cotto che si può ancora oggi ammirare. Sul finire del secolo, Gian Galeazzo Visconti, duca di Milano, decise di erigere accanto all’edificio una nuova chiesa e di dedicarla al santo che aveva protetto la sua famiglia dalle numerose epidemie di peste occorse in quegli anni, San Cristoforo. La chiesa era inoltre destinata a ricordare la vittoria riportata dal duca contro le truppe francesi del conte d’Armagnac e fu subito denominata Cappella ducale. Anche quest’ultimo edificio presenta un’aula a pianta semplice, rettangolare, ma chiusa da un coro quadrato, al quale si accede attraverso una porta in cotto decorato posta a destra dell’altare. Gian Galeazzo non ebbe il tempo di vedere completata la sua chiesa perché morì nel 1402, prima che l’edificio venisse terminato, ma un altro personaggio illustre, l’arcivescovo di Milano Pietro Filagro, futuro antipapa, inaugurò la chiesa il 1° settembre del 1405. Si racconta che, in un freddo mattino dell’inverno del 1491, Ludovico il Moro, insieme a un seguito di dignitari e di familiari, si recò proprio in questa chiesa ad aspettare l’arrivo della sua futura sposa, Beatrice d’Este. La principessa, appena diciassettenne, per raggiungere Milano aveva dovuto affrontare un viaggio di un mese che si era concluso con un lungo tratto percorso sul Naviglio. All’inizio del Seicento la chiesa di San Cristoforo, presso la quale il frate Pietro da Tavernasco aveva costruito un ospizio, fu usata come lazzaretto in seguito all’ennesima epidemia di peste. In questa occasione, sul retro della cappella ducale, venne inserita una sacrestia in stile barocco.
La chiesa rimase divisa in due campate fino al 1625 quando, durante alcuni lavori di rafforzamento, fu deciso di abbattere il muro che le divideva, lasciando le due arcate e creando un unico edificio con caratteristiche assai eterogenee. Il punto di maggiore interesse artistico è senz’altro costituito dagli affreschi. Nella parte più antica della chiesa, a sinistra, si può vedere l’affresco che orna l’abside e che raffigura Cristo benedicente circondato dai simboli dei quattro Evangelisti e da alcuni Santi. Nell’abside di destra invece si può ammirare la Vergine in trono con il Bambino, circondata da Sant'Antonio e da San Cristoforo, attribuito con qualche dubbio a Bassanolus de' Magistris (XV secolo). Gli affreschi che decorano la facciata esterna della chiesa appaiono molto deteriorati nonostante siano stati protetti con la costruzione di una tettoia.
Il 25 luglio, giorno di San Cristoforo, la chiesa è meta di una processione serale. Sono molte inoltre, tutti gli anni, le coppie che decidono di sposarsi in questa piccola parrocchia. A tal proposito è simpatico ricordare la tradizione che vede la sposa fermarsi sulla riva opposta del Naviglio e attraversare il ponticello in ferro che si trova davanti all'entrata della chiesa dove l’attende lo sposo.